Свою историю институт ведет с марта 1965 г., когда на базе Курского филиала "ГИПРОСАХПРОМ” (г. Москва) был создан Государственный проектный и научно-исследовательский институт сахарной промышленности (ГипроНИИсахпром), с пяти научных лабораторий – сырьевой, технологической, химтехконтроля, использования и переработки промышленных отходов, КИПиА. В 1979 г. по решению Минпищепрома СССР научная часть ГипроНИИсахпрома преобразована в Курский филиал Всесоюзного НИИ сахарной промышленности (г. Киев). В 1991 г. Курский филиал ВНИИСП получил статус самостоятельного российского института (приказ Министерства сельского хозяйства и продовольствия РСФСР №1064 от 23 октября 1991 г.), с 1992 г. он входит в состав Отделения хранения и переработки сельскохозяйственной продукции Российской академии сельскохозяйственных наук.

В институте ведутся исследования по широкому спектру вопросов производства сахара от хранения до получения готовой продукции и переработки отходов, включая аспекты технологии и техники, экологии, экономики, стандартизации, охраны труда и др.